論許乃昌
- (2007)。〈〈從〈黎明期的台灣〉走向「中國改造論」——由許乃昌的思想經歷看兩岸變革運動與論爭(1923-1927)〉[PDF]，《史繹》第35期(臺北)，頁69-140。
- (2009)。〈第四章：台灣社會主義運動的首次組織化〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁155-188。
- (2009)。〈第五章：台灣社會主義者的最初論述〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁189-206。
- (2009)。〈第六章：「整個民族的無產階級化」論與革命性質的抉擇──兩岸社會主義者的首次對話〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁207-244。
論范本梁
- (2009)。〈第三章：台灣無政府主義者的活動〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁119-154。
- (2009)。〈第五章：台灣社會主義者的最初論述〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁189-206。
- (2017)。〈日據時期朝鮮與台灣的無政府主義者交流〉[PDF]， 《台灣研究集刊》2017年第2期(廈門)。
論連溫卿
- (2009)。〈第二章：島內社會運動的社會主義萌芽〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁95-118。
- (2009)。〈第八章：「蠹魚」的旅行日記──1924年連溫卿的赴日之行〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁285-310。
- (2009)。〈一九二○年代台灣社會運動中的「大眾黨」問題〉[HTML]，收錄於若林正丈、松永正義、薛化元(編)，《跨域青年學者臺灣史研究續集》(頁129-184)。臺北：稻鄉出版社。
論山口小靜
- (2009)。〈〈第一章：一生只能開花一次的青春〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁69-94。
- (2009)。〈第八章：「蠹魚」的旅行日記──1924年連溫卿的赴日之行〉[PDF]，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁285-310。
論蔣渭水
- (2009)。〈蔣渭水與台灣社會主義運動的起源──從「新台灣聯盟」、「社會問題研究會」到「無產青年」〉[HTML]，收錄於蔣朝根(編)，《第一屆蔣渭水研究學術研討會論文集》(頁27-47)。臺北：財團法人蔣渭水文化基金會。並參見：〈第二章：島內社會運動的社會主義萌芽[PDF]〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁95-118。
論謝廉清
- (2009)。〈第七章：「歷史建構」的條件〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁245-284。
論翁澤生
- (2010)。〈《臺灣共產主義運動與共產國際(1924-1932)》若干考訂之辨析──以翁澤生新見逸文〈日本帝國主義鐵蹄下的臺灣〉為中心的討論〉[PDF]，《史原》復刊第1期[總第22期](臺北)，頁259-292。
- (2019)。〈試論1920年代後期台灣抗日運動的左右分化：以台共黨內鬥爭為線索的考察〉[PDF][網頁版][HTML]，《台灣研究集刊》2019年第4期(總第164期)，頁85-95。
論林書揚
- (2013)。〈他終於全都是革命：記林書揚先生〉[PDF]，《人間思想》第三期(台北)，頁4~50。
- (2013)。〈試論林書揚先生的基本思想〉[HTML]。本文初稿先後宣讀於2012年11月台北「林書揚追思紀念暨文集發表會」以及2013年台北「林書揚先生著述與實踐研討會」。
論劉進慶
- (2015)。〈我們的抵抗與學問——《劉進慶文選》編後記〉[HTML]，收錄於劉進慶著、邱士杰主編，《劉進慶文選》下卷（頁595-634）。台北：人間出版社。
- (2021)。〈劉進慶與他的抵抗時代〉[PDF]，《思想》第43期(台北)，頁1-35。
論陳明忠
- (2013)。〈西班牙內戰在兩岸〉[HTML]，《中國青年報》，2013年7月5日。
- (2021)。〈歷史社會主義的盜火者〉[PDF][網頁版][HTML]，《東方學刊》總第11期，页121-124。
論陳映真
- (2013)。〈陳映真與台灣的階級認同和民族認同〉[PDF]，《台灣社會研究季刊》第93期(台北)，頁245-259。
- (2013)。〈試論陳映真的社會性質論〉[PDF][網頁版][HTML]，《現代中文學刊》第5卷第6期(上海)，頁48-67。
- (2017)。〈唯一的道路〉[HTML]，原載於「澎湃新聞」，2017年1月3日。
論曾健民
- (2020)。〈為了黎明的國度──悼念曾健民醫師〉[HTML]，《海峽評論》358期(2020年10月，台北)，頁67-69。
論王亞南
- (2017)。〈重溫「經濟學的民族形式」〉[PDF][網頁版][HTML]， 《讀書》2017年第6期(北京)。
- (2021)。〈《中國經濟原論》研究方法的形成〉[PDF]，《中國經濟史研究》2021年第4期，页38-51。
論吳承明
- (2015)。〈社會主義「商品經濟」的明清史迴響：從吳承明及其論述先行者談起〉[PDF][網頁版][HTML]，《台灣社會研究季刊》第99期(台北)。
新年等在窗外,一縷香, 