- A.社會運動史
- B.經濟思想史
A.社會運動史
1.二十年代台灣社會運動
1.1.通論
- (2009)。《一九二四年以前臺灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社。
- 台灣社會主義運動理論史導論
- 一、在「半封建社會」論中通向「新民主主義革命」（1920s-1940s）
- 二、「半封建社會」論向「半封建政權」論的轉化（1960s-1970s）
- 1.實際上是「半封建政權」論的劉進慶「半封建社會」論
- 2.逐漸成為問題的資產階級
- 3.史明與左雄的「資產階級」論戰
- 三、在「半封建政權」論中遠離「新民主主義革命」（1970s-1980s）
- 1.《台灣人民》以降的七○年代
- 2.爭取資產階級的「迷思」：「民主主義」與「專政」的隱沒
- 3.七○年代以來的島內論述：「新殖民地」、反壟斷、「波拿巴國家」論
- 台灣社會主義運動理論史導論
1.2.運動的先聲
- (2017)。〈日據時期朝鮮與台灣的無政府主義者交流〉， 《台灣研究集刊》2017年第2期(廈門)。
1.3.運動的開端：浮現在歷史地平線上的馬克思主義者
- (2007)。〈〈從〈黎明期的台灣〉走向「中國改造論」——由許乃昌的思想經歷看兩岸變革運動與論爭(1923-1927)〉，《史繹》第35期(臺北)，頁69-140。本文為台大第二屆史學論文獎(2004年)第二名作品。並曾發表於《批判與再造》，第20、21期(2005，臺北)。
- (2009)。〈許乃昌、台灣赤華會，以及《平平旬刊》的誕生〉，本文即《1924年以前台灣社會主義運動的萌芽》第四章第一節，原標題〈上海的複雜背景〉。
- (2009)。〈「AB合作」的歷史產物：平社、《平平旬刊》、赤華黨[台灣赤華會]〉，本文即《1924年以前台灣社會主義運動的萌芽》第四章第二節，原標題〈平社與《平平旬刊》：兩種「主義」的兼容與分裂〉。
- (2009)。〈台灣共產黨之前的台灣共產黨：赤華黨與平社集結的歷史意義〉，本文即《1924年以前台灣社會主義運動的萌芽》第四章第三節，原標題〈結論〉。
1.4.民族主義與社會主義的複合
- (2009)。〈蔣渭水與台灣社會主義運動的起源──從「新台灣聯盟」、「社會問題研究會」到「無產青年」〉，收錄於蔣朝根(編)，《第一屆蔣渭水研究學術研討會論文集》(頁27-47)。臺北：財團法人蔣渭水文化基金會。
1.5.統一戰線黨與先鋒隊的辯證
- (2009)。〈一九二○年代台灣社會運動中的「大眾黨」問題〉，收錄於若林正丈、松永正義、薛化元(編)，《跨域青年學者臺灣史研究續集》(頁129-184)。臺北：稻鄉出版社。
1.6.二十年代台灣左翼運動的深化與危機
- (2010)。〈《臺灣共產主義運動與共產國際(1924-1932)》若干考訂之辨析──以翁澤生新見逸文〈日本帝國主義鐵蹄下的臺灣〉為中心的討論〉，《史原》復刊第1期[總第22期](臺北)，頁259-292。
- (2019)。〈試論1920年代後期台灣抗日運動的左右分化：以台共黨內鬥爭為線索的考察〉，《台灣研究集刊》2019年第4期(總第164期)，頁85-95。
1.7.遙遠的連帶：台灣抗日青年與中國革命
- (2006)。〈魯迅：一九二七年四月十五日〉，《人間思想與創作叢刊》2006年秋季號(臺北)，197-208。同文並曾節選發表於《新國際》。
- (2012)。〈中華蘇維埃與台灣(1930—1931)〉，收錄於中國社會科學院台灣史研究中心(編)，《台灣光復六十五週年暨抗戰史實學術研討會論文集》(頁458-474)。北京：九州出版社。
1.8.對於台灣左翼而言的轉向問題：待機和徬徨
- (2017)。〈轉向之後：試論1930-40年代的台灣島内左翼史〉，收錄於台灣研究基金會(主編)，《三代臺灣人：百年追求的現實與理想》(頁171-204)。台北：遠足文化。
1.9.政治經濟學與台灣
- (2011)。〈「政治經濟學批判」與一九二○年代的台灣──以幾種「過渡」(transition)論述為對象的考察〉，收錄於胡春惠、呂紹理(編)，《現代化進程中的中國基層社會》(頁219-240)。臺北：國立政治大學歷史學系、香港珠海學院亞洲研究中心。
2.初期台灣社會運動史人物
2.1.論許乃昌
- (2007)。〈〈從〈黎明期的台灣〉走向「中國改造論」——由許乃昌的思想經歷看兩岸變革運動與論爭(1923-1927)〉，《史繹》第35期(臺北)，頁69-140。
- (2009)。〈第四章：台灣社會主義運動的首次組織化〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁155-188。
- (2009)。〈第五章：台灣社會主義者的最初論述〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁189-206。
- (2009)。〈第六章：「整個民族的無產階級化」論與革命性質的抉擇──兩岸社會主義者的首次對話〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁207-244。
2.2.論范本梁
- (2009)。〈第三章：台灣無政府主義者的活動〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁119-154。
- (2009)。〈第五章：台灣社會主義者的最初論述〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁189-206。
- (2017)。〈日據時期朝鮮與台灣的無政府主義者交流〉， 《台灣研究集刊》2017年第2期(廈門)。
2.3.論連溫卿
- (2009)。〈第二章：島內社會運動的社會主義萌芽〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁95-118。
- (2009)。〈第八章：「蠹魚」的旅行日記──1924年連溫卿的赴日之行〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁285-310。
- (2009)。〈一九二○年代台灣社會運動中的「大眾黨」問題〉，收錄於若林正丈、松永正義、薛化元(編)，《跨域青年學者臺灣史研究續集》(頁129-184)。臺北：稻鄉出版社。
2.4.論山口小靜
- (2009)。〈第一章：一生只能開花一次的青春〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁69-94。
- (2009)。〈第八章：「蠹魚」的旅行日記──1924年連溫卿的赴日之行〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁285-310。
2.5.論蔣渭水
- (2009)。〈蔣渭水與台灣社會主義運動的起源──從「新台灣聯盟」、「社會問題研究會」到「無產青年」〉，收錄於蔣朝根(編)，《第一屆蔣渭水研究學術研討會論文集》(頁27-47)。臺北：財團法人蔣渭水文化基金會。並參見：〈第二章：島內社會運動的社會主義萌芽〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁95-118。
2.6.論謝廉清
- (2009)。〈第七章：「歷史建構」的條件〉，收錄於邱士杰《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》。臺北：海峽學術出版社，頁245-284。
2.7.論翁澤生
- (2010)。〈《臺灣共產主義運動與共產國際(1924-1932)》若干考訂之辨析──以翁澤生新見逸文〈日本帝國主義鐵蹄下的臺灣〉為中心的討論〉，《史原》復刊第1期[總第22期](臺北)，頁259-292。
- (2019)。〈試論1920年代後期台灣抗日運動的左右分化：以台共黨內鬥爭為線索的考察〉，《台灣研究集刊》2019年第4期(總第164期)，頁85-95。
3.戰後台灣社會運動史人物
3.1.論林書揚
- (2013)。〈他終於全都是革命：記林書揚先生〉，《人間思想》第三期(台北)，頁4~50。
- (2013)。〈試論林書揚先生的基本思想〉。本文初稿先後宣讀於2012年11月台北「林書揚追思紀念暨文集發表會」以及2013年台北「林書揚先生著述與實踐研討會」。
3.2.論陳明忠
- (2013)。〈西班牙內戰在兩岸〉，《中國青年報》，2013年7月5日。
- (2021)。〈歷史社會主義的盜火者〉，《東方學刊》總第11期，頁121-124。
3.3.論劉進慶
- (2021)。〈劉進慶與他的抵抗時代〉，《思想》第43期(台北)，頁1-35。
3.4.論陳映真
- (2013)。〈陳映真與台灣的階級認同和民族認同〉，《台灣社會研究季刊》第93期(台北)，頁245-259。
- (2013)。〈試論陳映真的社會性質論〉，《現代中文學刊》第5卷第6期(上海)，頁48-67。
- (2017a)。〈唯一的道路，原載於「澎湃新聞」，2017年1月3日。
- (2017b)。〈許南村與陳映真〉。本文為「第一屆陳映真思想研討會」(2017年11月5日)與會論文。
3.5.論黃榮燦（兼論莊索）
(2021)。〈橫地剛與《南天之虹》的時代〉，《人間思想》第26期(台北)，頁4-28。
(2024)。〈直到理想為止──相會在戰後台灣的中日木刻家與《南天之虹》〉，《文訊》2024年5月號（第463期）。
3.6.台大白色恐怖受難學長姊口述歷史：于非、蕭明華、于凱相關案件
- (2013-14)。〈姜民權女士訪談紀錄〉，邱士杰、樊俊朗、盧君朗採訪，邱士杰整稿。
- (2014)。〈來德裕先生訪談紀錄〉，邱士杰採訪與整稿、盧君朗整理。
- (2014)。〈張敏生先生訪談記錄〉，邱士杰採訪與整稿，樊俊朗、盧君朗整理。
- (2014)。〈王佑民先生訪談記錄〉，邱士杰採訪。未見於國家文化記憶庫收存系統。
B.經濟思想史
4.經濟思想史論題
（增補中）
5.經濟思想史人物
5.1.論王亞南
- (2017)。〈重溫「經濟學的民族形式」〉， 《讀書》2017年第6期(北京)。
- (2021)。〈《中國經濟原論》研究方法的形成〉，《中國經濟史研究》2021年第4期，页38-51。
- (2022)。〈王亞南與20世紀30年代中國經濟學界的互動〉，《開放時代》2022年第5期(廣州)，頁49-59。
- (2023)。〈小生產與工業化：郭大力與王亞南的中國經濟改造論〉，《工業文化研究》2023年特輯（上海），頁23-41。
5.2.論吳承明
- (2015)。〈社會主義「商品經濟」的明清史迴響：從吳承明及其論述先行者談起〉，《台灣社會研究季刊》第99期(台北)。
5.3.論劉進慶
- (2015)。〈我們的抵抗與學問——《劉進慶文選》編後記〉，收錄於劉進慶著、邱士杰主編，《劉進慶文選》下卷（頁595-634）。台北：人間出版社。
- (2021)。〈劉進慶與他的抵抗時代〉，《思想》第43期(台北)，頁1-35。
- (2022)。《戰後台灣經濟的左翼分析：劉進慶思想評傳》。臺北：台大出版中心。【本書相關書評和討論】
- (2022)。〈劉進慶「官商資本論」形成史──馬克思主義政治經濟學對戰後台灣經濟的初次分析〉，《台灣歷史研究》2022年第1期(北京)，頁1-15。
