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專著

• 邱士杰.2009.《一九二四年以前台灣社會主義運動的萌芽》. 台北: 海峽學術出版社. ^{DOI:10.978.98664800/195}
• ───2022.《戰後台灣經濟的左翼分析: 劉進慶思想評傳》. 台北: 台大出版中心. 【本書相關書評和討論】

編著

• 劉進慶.2015.《我的抵抗與學問: 劉進慶文選》（林啟洋、邵雪瑛策劃, 邱士杰主編）. 台北: 人間出版社.
• 王亞南.2021-2023.《王亞南全集》（王亞南全集編輯委員會編）. 廈門: 廈門大學出版社. 邱士杰任編輯部成員並負責第一、五、九、十三、十六、十八卷責任校勘.

刊行論文

• 邱士杰.2006.〈魯迅: 一九二七年四月十五日〉, 《人間思想與創作叢刊》2006年秋季號(臺北), 頁197-208. 同文並曾節選發表於《新國際》.
• ───2006-2008.〈崛起: 台灣左翼運動的1924年〉, 《批判與再造》, 第35-55期(臺北). 本文為長期連載之論文.
• ───2007.〈〈從〈黎明期的台灣〉走向「中國改造論」──由許乃昌的思想經歷看兩岸變革運動與論爭(1923-1927)〉, 《史繹》第35期暨第二、三屆論文獎作品選刊(臺北), 頁69-140. ^{DOI: 10.5281/zenodo.15385782} 本文為台大第二屆史學論文獎(2004年)第二名作品. 並曾發表於《批判與再造》, 第20、21期(2005, 臺北).
• ───2009ⓐ.〈一九二○年代台灣社會運動中的「大眾黨」問題〉, 收錄於若林正丈、松永正義、薛化元(編), 《跨域青年學者臺灣史研究續集》(頁129-184). 臺北: 稻鄉出版社. 本文初稿宣讀於2009年臺北「台灣史青年學者國際研討會」.
• ───2009ⓑ.〈從中國革命風暴而來──陳映真的「社會性質論」與他的馬克思主義觀〉, 收錄於文訊雜誌社(編), 《陳映真創作50週年國際學術研討會論文集》(頁241-299). 臺北: 文訊雜誌社. 本文初稿宣讀於2009年臺北「陳映真創作50週年國際學術研討會」.
• ───2009ⓒ.〈蔣渭水與台灣社會主義運動的起源──從「新台灣聯盟」、「社會問題研究會」到「無產青年」〉, 收錄於蔣朝根(編), 《第一屆蔣渭水研究學術研討會論文集》(頁27-47). 臺北: 財團法人蔣渭水文化基金會. 本文初稿宣讀於2008年臺北「第一屆蔣渭水研究學術研討會」.
• ───2010.〈《臺灣共產主義運動與共產國際(1924-1932)》若干考訂之辨析──以翁澤生新見逸文〈日本帝國主義鐵蹄下的臺灣〉為中心的討論〉, 《史原》復刊第1期[總第22期](臺北), 頁259-292. ^{DOI: 10.6672/shiyuan.2010.22.05}
• ───2011.〈「政治經濟學批判」與一九二○年代的台灣──以幾種「過渡」(transition)論述為對象的考察〉, 收錄於胡春惠、呂紹理(編), 《現代化進程中的中國基層社會》(頁219-240). 臺北: 國立政治大學歷史學系、香港珠海學院亞洲研究中心. ^{DOI: 10.5281/zenodo.15428909} 本文初稿宣讀於2010年天津南開大學「第十一屆兩岸三地歷史學研究生論文發表會」.
• ───2012.〈中華蘇維埃與台灣(1930—1931)〉, 收錄於中國社會科學院台灣史研究中心(編), 《台灣光復六十五週年暨抗戰史實學術研討會論文集》(頁458-474). 北京: 九州出版社. 本文初稿宣讀於2010年重慶「第一屆臺灣史研究論壇——臺灣光復六十五周年暨抗戰史實學術研討會」.
• ───2013ⓐ.〈陳映真與台灣的階級認同和民族認同〉, 《台灣社會研究季刊》^{TSSCI indexed} 第93期(台北), 頁245-259. 本文初稿宣讀於2013年台灣社會研究季刊(等)主辦「《橙紅的早星: 隨著陳映真重訪台灣一九六０年代》──趙剛新書發表與討論會」.
• ───2013ⓑ.〈試論陳映真的社會性質論〉, 《現代中文學刊》^{CSSCI indexed} 第5卷第6期(上海), 頁48-67. 本文初稿宣讀於2013年台灣社會研究學會年會「重返民間: 從規範性論述到在地歷史解釋」.
• 추스제[邱士杰].2014.〈대만 지구 중등학교 역사교육의 쟁점―중일갑오전쟁 120주년에 즈음하여〉(주윤정譯), 《역사비평》^{KCI indexed} 2014년 겨울호(109호), 254-289. 本文原以〈타이완 중등학교 역사교육 쟁점에 대한 고찰-중일갑오전쟁 120주년에 즈음하여〉為題宣讀於2014年韓國獨立運動研究所「동학농민운동 120년·청일전쟁 120년 기념 국제학술회의 개최 안내 – 1894·5년의 역사상(歷史像)과 동아시아의 역사교육 -」.
• 邱士杰.2015ⓐ.〈社會主義「商品經濟」的明清史迴響: 從吳承明及其論述先行者談起〉, 《台灣社會研究季刊》^{CSSCI indexed} 第99期(台北), 頁279-296. ^{DOI:10.5281/zenodo.15425668}
• ───2015ⓑ.〈台湾中等学校歴史教育論争に関する考察: 日清戦争120 周年にあたって〉(徐勝譯注), 《コリア研究》6(2015年3月), 頁69–88. ^{DOI:10.34382/00014008}
• ───2015ⓒ.〈鴉片戰爭同期聲: 道光十九年貢期更改事件札記〉, 收錄於甯應斌(編), 《重新認識中國》. 台北: 台灣社會研究雜誌社. 本文初稿宣讀於2014年中壢中央大學「重新認識中國研討會」.
• ───2015ⓓ.〈我們的抵抗與學問──《劉進慶文選》編後記〉, 收錄於劉進慶著、邱士杰主編, 《劉進慶文選》下卷（頁595-634）. 台北: 人間出版社.
• ───2017ⓐ.〈日據時期朝鮮與台灣的無政府主義者交流〉, 《台灣研究集刊》^{CSSCI indexed} 2017年第2期(廈門), 頁77-85.
• ───2017ⓑ.〈重溫「經濟學的民族形式」〉, 《讀書》^{CSSCI indexed} 2017年第6期(北京), 頁27-34. ^{DOI:10.5281/zenodo.15411428}
• ───2017ⓒ.〈轉向之後: 試論1930-40年代的台灣島内左翼史〉, 收錄於台灣研究基金會(主編), 《三代臺灣人: 百年追求的現實與理想》(頁171-204). 台北: 遠足文化. 本文原以〈待機和徬徨: 試論 1930-40 年代的台灣島內左翼〉為題宣讀於台灣研究基金會、中研院台史所主辦「台灣的悲愴年代: 從皇民化到二二八」研討會(2016年9月10日).
• ───2019.〈試論1920年代後期台灣抗日運動的左右分化: 以台共黨內鬥爭為線索的考察〉, 《台灣研究集刊》^{CSSCI indexed} 2019年第4期(總第164期), 頁85-95. 本文初稿以〈左翼之間的競逐──重探1920年代台共黨內爭論〉為題宣讀於中國社會科學院台灣史研究中心、中華全國台灣同胞聯誼會研究室、貴州省台灣同胞聯誼會、遵義師範學院主辦「台灣歷史與兩岸關係國際學術研討會」(2017年10月14日-15日).
• ───2020.〈近代中國社會性質理論史的法權分析階段〉, 《經濟思想史研究》第2期, 頁42-60. ^{DOI:10.5281/zenodo.15420695} 同文收錄於中國社會科學院台灣史研究中心(主編), 《中國近代史學科體系的理論建構與學科反思: 慶賀張海鵬先生八十華誕暨史學研究55周年》上冊(頁163-180). 北京: 社會科學文獻出版社, 2020. 本文初稿以〈「近代中國」的自我批判和認識──「半殖民地半封建社會」理論形成史的片斷考察(1927-1930)〉為題宣讀於中國社會科學院近代史研究所主辦「中國近代史學科體系的理論建構与學術反思研討會」(2018年5月5日至5月6日).
• ───2021ⓐ.〈歷史社會主義的盜火者〉, 《東方學刊》總第11期, 頁121-124.
• ───2021ⓑ.〈《中國經濟原論》研究方法的形成〉, 《中國經濟史研究》^{CSSCI indexed} 2021年第4期, 頁38-51.
• ───2021ⓒ.〈劉進慶與他的抵抗時代〉, 《思想》第43期(台北), 頁1-35.
• ───2021ⓓ.〈橫地剛與《南天之虹》的時代〉, 《人間思想》第26期(台北), 頁4-28.
• ───2021ⓔ.〈唯物史觀台灣史的可能性: 試論劉進慶《戰後台灣經濟分析》原稿的台灣史論〉, 《台灣社會研究季刊》^{TSSCI indexed} 第120期(台北), 頁1-37. ^{DOI: 10.5281/zenodo.15449854} 本文初稿先後宣讀於北京清華大學人文與社會科學高等研究所「文化運動與空間政治」研討會（2020年10月）以及廈門大學台灣研究院「台灣史研究新視界」研討會（2020年11月）.
• ───2022ⓐ.〈劉進慶「官商資本論」形成史──馬克思主義政治經濟學對戰後台灣經濟的初次分析〉, 《台灣歷史研究》2022年第1期(北京), 頁1-15.
• ───2022ⓑ.〈王亞南與20世紀30年代中國經濟學界的互動〉, 《開放時代》^{CSSCI indexed} 2022年第5期(廣州), 頁49-59.
• ───2022ⓒ.〈「新生代研究者看台灣戰後初期左翼運動史」解題〉, 《人間思想》第28期(2022, 台北), 頁244-247.
• ───2022ⓓ.〈戰後台灣經濟的左翼分析──從劉進慶的台灣社會性質論談起: 導言〉、〈劉進慶及其戰後台灣經濟論〉, 《台灣社會研究季刊》^{TSSCI indexed} 第123期(台北), 頁237-240；241-255.
• ───2023ⓐ.〈漫長的半封建時代──試論劉進慶的台灣史論〉, 《區域》第10輯(北京), 頁64-80. 本文初稿原以〈不平衡與綜合發展: 「封建」概念在中國近代經濟史研究中的意涵轉換〉為題, 宣讀於中國社會科學院哲學研究所主辦「重新認識傳統研討會」(2018年9月6日至9日).
• ───2023ⓑ.〈馬克思主義經典在台灣: 試論異化論的接受史〉, 收錄於何偉明等主編: 《香港中文大學重讀通識經典論文集(一)》（頁183-213）. 香港: 香港中文大學“大學通識教育部”. 本文初稿以同名宣讀於香港中文大學「重讀通識經典（一）: 馬克思《1844年經濟學哲學手稿》」研討會（2022年9月1日至2日）.
• ───2023ⓒ.〈重讀《戰後台灣經濟分析》〉, 《政治經濟學報》第26卷(重慶), 頁252-262.
• ───2023ⓓ.〈小生產與工業化: 郭大力與王亞南的中國經濟改造論〉, 《工業文化研究》2023年特輯（上海）, 頁23-41.
• 추스제.2023.〈세계반파시스트전쟁및 항일 전쟁 승리와 대만 문제〉, 收錄於徐勝主編, 《동아시아와 샌프란시스코 조약체제 3개의 분단과 2개의 정전을 넘어서》（東亞與舊金山條約體系: 超越三次分斷與兩個停戰）（頁145-168）. 과천시: 진인진. 本文初稿曾宣讀於韓國又石大學東亞平和研究所主辦之「우석 동아시아 평화포럼 연속강좌 / 又石東亞和平論壇連續講座」(2022年11月24日)。
• 邱士杰.2024.〈大革命時期台灣革命者的歷史認識──以《不逞團關係雜件: 台灣人之部》和罕見報刊為中心〉, 《杭州師範大學學報（社會科學版）》2024年第5期(杭州), 頁13-21.
• ───2025.〈第一次國共合作時期的基馬爾道路論〉, 《비교중국연구比較中國研究》^{KCI indexed} 第6卷第1期(인천), 頁123-153. ^{DOI: 10.23166/csgc.2024.6.1.004} 本文初稿曾宣讀於中國社會科學院哲學研究所主辦之「第二屆海峽兩岸人文學論壇」 (2019年10月19-20日).

未刊行的論文和其他發表

• 邱士杰.2010.〈回首海天相接處: 試論島外“釣運”及島內“統運”的論述接點〉. 論文宣讀於: 江西南昌「紀念保衛釣魚台運動四十年研討會」(2010年8月22日).
• ───2012.〈階級分析的隱沒: 試論台灣政治經濟學討論之一側面〉. 論文發表於: 新竹交通大學社文所「International Workshop on Marxisms in East Asia(「馬克思主義在東亞」國際學術工作坊, 2012年6月6-9日). ^{DOI: 10.5281/zenodo.15429528}
• ───2013ⓐ.〈試論林書揚先生的基本思想〉. 本文初稿先後宣讀於2012年11月台北「林書揚追思紀念暨文集發表會」以及2013年台北「林書揚先生著述與實踐研討會」.
• ───2013ⓑ.〈西班牙內戰在兩岸〉, 《中國青年報》, 2013年7月5日.
• ───2013ⓒ.〈內在於台灣的中國革命: 《安息歌》的故事〉, 《海峽評論》第272期(2013年8月, 台北), 頁47-54
• ───2013ⓓ.〈思考琉球命運的歷史資源〉, 《南風窗》2013年第13期.
• ───2013ⓔ.〈他終於全都是革命: 記林書揚先生〉, 《人間思想》第三期(台北), 頁4~50
• ───2013ⓕ.〈二十世紀台灣社會主義運動簡史: 組織史部分〉, 《跨時革新版》第一期(香港).
• 추스제.2015.〈사회변혁인가 현상유지인가？──대만사회주의운동의 중국 전망과 그 소실로부터〉. 本文為2015年韓國首爾聖公會大學「아시아 사회주의 워크숍: 홍콩/대만」(亞洲社會主義工作坊: 香港/臺灣)與會論文.
• 邱士杰.2016.〈試論福本和夫與河上肇的「唯物史觀公式」論爭(1926-1927)〉. 本文初稿宣讀於臺灣大學人文社會高等研究院「2016 年訪問學者歡迎會暨青年學者東亞儒學論壇」(2016年8月2日－3日).
• ───2017ⓐ.〈許南村與陳映真〉. 本文為「第一屆陳映真思想研討會」(2017年11月5日)與會論文. ^{DOI: 10.5281/zenodo.15426426}
• ───2017ⓑ.〈唯一的道路〉, 原載於「澎湃新聞」, 2017年1月3日.
• ───2018ⓐ.〈台灣與韓國無政府主義者之交流〉. 本文宣讀於政治大學韓文系主辦「趙明河烈士義舉90周年研討會」.
• ───2018ⓑ.〈1928年台灣共產黨建黨會議新探〉. 本文宣讀於「臺灣社會研究學會年會」(2018年10月13日).
• ───2018ⓒ.〈王亞南與蔣介石《中國經濟學說》之辯〉. 本文宣讀於浙江大學歷史系主辦第二屆「戰後蔣介石研究」學術討論會(2018年10月20日).
• ───2018ⓓ.〈佐爾格、陳翰笙、王學文與日據時期台灣左翼運動的文獻彙集〉. 本文宣讀於「紅色文獻整理與共和國精神的歷史與未來」學術沙龍(2018年10月24日).
• ───2018ⓔ.〈馬克思主義政治經濟學在中國傳播的早期狀況〉. 本文宣讀於「華東師範大學傳播學院亞洲馬克思主義傳播研究所成立研討會」(2018年11月17日).
• ───2018ⓕ.〈與陳映真同行〉. 本文宣讀於中華全國臺灣同胞聯誼會主辦「陳映真紀念座談會」(2018年11月29日).
• ───2018ⓖ.〈依附理論與80年代台灣〉. 本文宣讀於清華大學人文與社會高等研究所「全球化的歷史脈絡與第三世界的經驗教訓──薩米爾阿明及其思想遺產的再探討」研討會(2018年12月7日至8日).
• ───2019.〈克服歷史問題與東亞和平〉. 本文宣讀於韓國東北亞歷史財團(동북아역사재단)主辦之「韓日歷史問題: 和解與對話」研討會(2019年11月29日, 首爾).
• ───2020.〈為了黎明的國度〉, 《海峽評論》358期(2020年10月, 台北), 頁67-69.
• ───2021.〈中共一大與台灣抗日左翼運動〉, 《觀察》95期(2021年7月, 台北）.
• ───2023.〈見證1949的《光明報》〉, 《觀察》第121期（2023年9月, 台北）.

口述歷史訪談

• 邱士杰.2013-2014.〈姜民權女士訪談紀錄〉, 邱士杰、樊俊朗、盧君朗採訪, 邱士杰整稿.
• ───2014ⓐ.〈來德裕先生訪談紀錄〉, 邱士杰採訪與整稿、盧君朗整理.
• ───2014ⓑ.〈張敏生先生訪談記錄〉, 邱士杰採訪與整稿, 樊俊朗、盧君朗整理.
• ───2014ⓒ.〈王佑民先生訪談記錄〉, 邱士杰採訪. 未見於國家文化記憶庫收存系統.